Evidencia arqueológica del origen del caballo lusitano viene del año 25.000 A.C. las cuales pueden ser vistas en las grutas de la Pileta (Málaga) con su ancestro más primitivo el caballo Sorraia. El caballo Sorraia se cree fue desarrollado a partir de cruces entre el caballo ibérico nativo y caballos provenientes del oriente y norte del África. El caballo Sorraia permaneció aislado por miles de años en la parte Sur de la península ibérica en las regiones que hoy conocemos como Portugal y España.

Existen evidencias del período neolítico 8 (4000 AC) donde tribus nativas utilizaron caballos en la guerra. Alrededor del 3000 AC las tribus del Norte de África invadieron la península. Este caballo comenzó a ser montado en este periodo evolucionando con las diversas influencias de las civilizaciones que habitaron la península ibérica.

La raza lusitana se originó ante la necesidad de disponer de una numerosos caballos de montura. El primer volumen del libro genealógico Portugués de Equinos comenzó en 1967 (El Stud Book Portugués había sido creado en 1889).

El nombre Lusitano viene del pueblo que habitaba la parte Oeste de la península Ibérica, más tarde, en 27 A.C. fue creada la región Lusitania una región administrativa Romana que se situaba entre los ríos Douro y Guadiana.

En las ultimas décadas los criadores portugueses se han dedicado a seleccionar y perfeccionar el caballo Lusitano. Tomando lo mejor de los reproductores Alter Real buscando un caballo con buen temperamento, robusto, y con buenos movimientos obteniendo así un caballo deportivo ideal.